Segunda entrega de la primera trilogía de la exitosa serie 'El profesor Layton'. Salió originalmente a la venta en noviembre de 2007 en Japón, aunque Nintendo Europe no lo distribuyó hasta septiembre de 2009. Desarrollado en exclusiva para Nintendo DS, 'El profesor Layton y la caja de Pandora' no presenta una dirección continuista en sus gráficos y puzles, siguiendo la estela marcada por su predecesor, El profesor Layton y la villa misteriosa.
En esta ocasión, Hershel Layton y Luke se embarcan en un viaje en tren para resolver el misterio que gira en torno a la caja de Pandora, un objeto del cual se dice que acabará con la vida de toda persona que decida abrirlo.
En un principio la historia iba a girar en torno a una isla desierta, pero el equipo de desarrollo vio realmente extraño que un caballero londinense se viera involucrado en un contexto así. De este modo, se reescriben los primeros esbozos de guión para dar a luz el proyecto que hoy en día conocemos.