Cuando fuimos viendo información sobre Ultimate NES Remix', la versión de 'NES Remix' pensada para la Nintendo 3DS, vimos que ni de lejos iba a incluir todos los juegos de NES que tenían 'NES Remix' y 'NES Remix 2' juntos en la Wii U.
Y algún modo también falta
Varios usuarios que por diversos motivos ya tienen esta versión del juego en su formato comercial, han conseguido ya desbloquear todos los juegos y han listado todos los juegos de NES que están incluidos en esta versión para portátil. Los juegos que están incluidos finalmente en 'Ultimate NES Remix' son 'Balloon Fight', 'Donkey Kong', 'Donkey Kong Jr.', 'Dr. Mario', 'Excitebike', 'Kid Icarus', 'Kirby's Adventure', 'Mario Bros.', 'Metroid', 'Punch-Out!!', 'Super Mario Bros.' ,'Super Mario Bros.: The Lost Levels', 'Super Mario Bros. 2', 'Super Mario Bros. 3', 'The Legend of Zelda' y 'Zelda II: The Adventure of Link', con lo que faltan los juegos 'Baseball', 'Clu Clu Land', 'Donkey Kong 3', 'Golf', 'Ice Climber', 'Pinball', 'Tennis', 'Urban Champion', 'Wrecking Crew', 'Ice Hockey', 'NES Open Tournament Golf', y 'Wario's Woods', así como sus correspondientes pruebas.
Entre otros cambios, también han eliminado toda integración con Miiverse para publicar mensajes usando los sellos que se desbloquean, además de que han sustituido el modo Super Luigi Bros. por uno que pone 'Super Mario bros.' al doble de velocidad. Esto sin duda hará que muchos usuarios de la Wii U ni se planteen conseguir esta versión del juego para acompañar a la versión de sobremesa, y no pocos usuarios han mostrado su descontento por una versión con tanto contenido recortado.