'Prototype 2' promete ser un juego cargado de acción y diversión, tal y como lo era su primera parte. James Heller, el nuevo protagonista, tendrá habilidades similares a las de Alex Mercer, el personaje controlable de la primera parte, aunque su cuerpo tendrá un aspecto más metálico. Armas orgánicas no le faltaran, eso desde luego.
Los súper soldados, tus enemigos
Los miembros de "Blackwatch" descubrieron, mientras llevaban a cabo las primeras pruebas, que el virus podía ser alterado para otorgar habilidades extraordinarias a los animales de laboratorio. Así empezó el proyecto D-Code, como una forma de investigación de uso del virus en seres humanos. De esta forma, un grupo de soldados fue infectado con la cepa DX-1120, y los prototipos que salieron de este experimento fueron nombrados "Súper Soldados".
Años después el proyecto fue retomado, eso si, en alto secreto. Los "Súper Soldados" de Blackwatch siguen siendo estudiados para potenciar sus habilidades, ya sea la fuerza, la velocidad, su salto, su habilidad para trepar, su tamaño o su fortaleza. Estos serán una amenaza para James Heller, que tendrá que acabar con ellos para poder progresar en su venganza contra Alex Mercer.